Betriebsprüfung: der Ablauf von der Prüfungsanordnung bis zum geänderten Bescheid

Eine Betriebsprüfung beginnt mit der Prüfungsanordnung und endet mit geänderten Bescheiden oder mit der Mitteilung, dass alles bleibt, wie es ist. Dazwischen liegen ein Vorlauf von meist zwei Wochen, die Prüfung selbst, die Schlussbesprechung und der Prüfungsbericht. Den Ablauf in den Finanzämtern bestimmt seit dem 10. September 2026 die Außenprüfungsordnung (ApO); sie ersetzt die Betriebsprüfungsordnung von 2000.

Die Prüfungsanordnung und was ab ihrer Bekanntgabe läuft

Die Anordnung kommt schriftlich oder elektronisch, mit Rechtsbehelfsbelehrung (§ 196 AO). Sie nennt Rechtsgrundlage, Steuerarten und Prüfungszeitraum, dazu kommen Hinweise auf deine Rechte und Pflichten. Anordnung, voraussichtlicher Beginn und die Namen der Prüfer kommen angemessene Zeit vorher, sofern das den Prüfungszweck nicht gefährdet (§ 197 Abs. 1 AO). Was angemessen ist, hängt von der Größenklasse ab, in der dein Betrieb am Tag der Bekanntgabe eingeordnet ist (§§ 5, 6 ApO):

Die Grenzen legen die Länder fest. Ein Handelsbetrieb etwa ist 2026 erst mit mehr als 14 Mio. € Umsatz oder 800.000 € Gewinn ein Großbetrieb, ab 2027 mit mehr als 14,7 Mio. € oder 840.000 €. Länger als drei Jahre kann das Finanzamt kleinere Betriebe vor allem dann prüfen, wenn spürbare Änderungen zu erwarten sind oder der Verdacht einer Steuerstraftat besteht.

Steht § 203 AO in der Anordnung, ist es eine abgekürzte Außenprüfung, beschränkt auf die wesentlichen Besteuerungsgrundlagen. Dann gibt es keine Schlussbesprechung und keinen Anspruch auf den Bericht vorab. Wo das Finanzamt von deinen Erklärungen abweichen will, muss es dir das vor dem Abschluss sagen.

Auf den Vorlauf kannst du verzichten. Gegen die Anordnung selbst ist binnen eines Monats ein Einspruch möglich, er hält die Prüfung aber nicht von selbst auf (§ 361 Abs. 1 AO). Und ab der Bekanntgabe ist für die angeordneten Steuern und Jahre keine strafbefreiende Selbstanzeige mehr möglich (§ 371 Abs. 2 Satz 1 Nr. 1 Buchst. a AO).

Den Beginn verlegen lassen

Machst du wichtige Gründe glaubhaft, soll das Finanzamt den Beginn auf Antrag verlegen (§ 197 Abs. 2 AO). Die ApO nennt als Beispiele die Krankheit einer Person, die für die Prüfung gebraucht wird, beträchtliche Störungen durch Umbau und höhere Gewalt; das Amt kann eine Auflage machen, etwa Vorarbeiten zu erledigen (§ 6 Abs. 6 ApO). Der Preis: Wird der Beginn auf deinen Antrag verschoben, läuft die Festsetzungsfrist der betroffenen Steuern nicht ab, bevor die Bescheide nach der Prüfung unanfechtbar sind oder drei Monate seit der Mitteilung vergangen sind, dass sich nichts ändert (§ 171 Abs. 4 AO).

Vor dem ersten Prüfungstag: Unterlagen, Datenzugriff, Prüfungsort

Schon mit der Anordnung kann das Finanzamt aufzeichnungs- und aufbewahrungspflichtige Unterlagen anfordern, mit angemessener Frist. Was mit Software entstanden ist, überträgst du in einem maschinell auswertbaren Format (§ 197 Abs. 3 AO). Danach soll es dir die geplanten Prüfungsschwerpunkte nennen, auch mündlich im Eröffnungsgespräch. Auf diese Punkte beschränkt ist die Prüfung damit nicht.

Während der Prüfung hat das Finanzamt drei Wege zu deinen Daten (§ 147 Abs. 6 AO), in den GoBD heißen sie Z1 bis Z3:

Das Amt kann auch mehrere Wege kombinieren, den Aufwand bezahlst du. Verweigerst du den Zugriff, kann ein Verzögerungsgeld von 2.500 bis 250.000 € festgesetzt werden (§ 146 Abs. 2c AO). Wie ein brauchbarer Export aussieht, zeigt GoBD für kleine Unternehmen.

Geprüft wird in deinen Geschäftsräumen. Fehlt nachweislich ein geeigneter Raum, kann die Prüfung in deiner Wohnung oder im Finanzamt stattfinden; beide Orte stellt die ApO jetzt gleich. Das Büro deiner Kanzlei kommt nur ausnahmsweise in Frage (§ 200 Abs. 2 AO, § 7 Abs. 1 ApO). Platz und Hilfsmittel stellst du kostenlos.

Mitwirkung und was eine Verzögerung kostet

Du gibst Auskünfte, legst Bücher und Belege vor, erklärst sie und hilfst beim Datenzugriff (§ 200 Abs. 1 AO). Zu Beginn kannst du Auskunftspersonen benennen, etwa deine Steuerberaterin; deine eigene Pflicht bleibt trotzdem (§ 9 Abs. 1 ApO). Andere Beschäftigte darf die Prüferin fragen, wenn von dir und den Benannten keine ausreichende Auskunft kommt oder zu erwarten ist. Geprüft wird zu üblichen Geschäftszeiten; beim Rundgang durch den Betrieb sollst du oder jemand für dich dabei sein (§ 200 Abs. 3 AO).

Stockt die Mitwirkung, kann das Finanzamt frühestens sechs Monate nach Bekanntgabe der Anordnung ein qualifiziertes Mitwirkungsverlangen erlassen, mit Rechtsbehelfsbelehrung (§ 200a Abs. 1 AO). Vorher fordert es dich in der Regel zweimal auf, beim zweiten Mal mit Frist und dem Hinweis auf dieses Verlangen. Was schon mit der Anordnung angefordert war, zählt als erste Aufforderung (§ 9 Abs. 4 ApO).

Erfüllst du das Verlangen nicht rechtzeitig oder nur teilweise, wird ein Mitwirkungsverzögerungsgeld von 75 € für jeden vollen Kalendertag festgesetzt, höchstens für 150 Tage, also bis 11.250 € (§ 200a Abs. 2 AO). Die Verzögerung endet spätestens mit dem Tag der Schlussbesprechung. Machst du glaubhaft, dass sie entschuldbar war, wird nichts festgesetzt; ein Verschulden deiner Kanzlei zählt dabei wie deines. Dazu kann ein Zuschlag von bis zu 25.000 € je Tag kommen, etwa im Wiederholungsfall binnen fünf Jahren. Diese Regeln gelten für Steuern ab 2025 und für ältere Jahre, wenn die Anordnung nach dem 31. Dezember 2024 bekannt gegeben wurde (Art. 97 § 37 EGAO).

Während der Prüfung: Zwischengespräche und die Kasse

Die Prüferin ermittelt zu deinen Gunsten wie zu deinen Ungunsten. Was sie feststellt und wie es sich auswirken kann, sagt sie dir schon unterwegs, soweit das die Prüfung nicht beeinträchtigt. Feste Gesprächstermine lassen sich vereinbaren, in einer schriftlichen Rahmenvereinbarung auch Antwortfristen und Erreichbarkeiten (§ 8 ApO). Erfüllst du eine solche Vereinbarung, unterbleibt ein qualifiziertes Mitwirkungsverlangen (§ 199 Abs. 2 AO).

Für Bargeld gelten eigene Regeln. Kasseneinnahmen hältst du täglich fest; eine elektronische Kasse zeichnet jeden Verkauf einzeln auf und ist durch eine zertifizierte TSE geschützt (§ 146 Abs. 1, § 146a Abs. 1 AO). Ihre Daten gehen über die einheitliche digitale Schnittstelle an die Prüferin (§ 4 KassenSichV). Fehlt dieses Format, verliert deine Buchführung insoweit ihre Beweiskraft, und das Finanzamt schätzt (§ 158 Abs. 2 Nr. 2, § 162 Abs. 2 AO).

Zum Verproben hat die Finanzverwaltung die Richtsatzsammlung, die für Mittel- und Großbetriebe nicht gilt. Für 2025 nennt sie bei Cafés mit mehr als 250.000 € wirtschaftlichem Umsatz einen Rohgewinnaufschlag von 223 bis 426 % auf den Wareneinsatz, im Mittel 300 %. Formell ordnungsmäßige Bücher dürfen laut der Sammlung in der Regel nicht allein deshalb geschätzt werden, weil sie davon abweichen. Sie enthält auch Pauschbeträge für Sachentnahmen, also Essen und Getränke für den privaten Tisch: 2025 für Café und Konditorei 2.158 € je Person, ohne Umsatzsteuer.

Unangekündigt kommt dagegen die Kassen-Nachschau. Gibt ihr Befund Anlass, kann daraus ohne Anordnung eine Außenprüfung werden, mit schriftlichem Hinweis (§ 146b AO). Wie du die Kasse dafür führst, steht in Kassenbuch führen.

Schlussbesprechung, Bericht und die neuen Bescheide

Ändert die Prüfung etwas, gibt es eine Schlussbesprechung, außer du verzichtest (§ 201 Abs. 1 AO). Termin und Besprechungspunkte bekommst du angemessene Zeit vorher, auch formlos, und mit deiner Zustimmung geht das Gespräch auch am Telefon oder per Video (§ 12 ApO). Im Mittelpunkt stehen strittige Sachverhalte und ihre rechtliche Beurteilung. Fehlende Belege bringst du am besten spätestens zu diesem Termin mit.

Danach schreibt das Finanzamt den Prüfungsbericht. Auf Antrag schickt es ihn dir, bevor es ihn auswertet, und gibt dir angemessene Zeit für eine Stellungnahme (§ 202 AO). Ändert sich nichts, genügt eine Mitteilung. Aus dem Bericht werden Änderungsbescheide, gegen die du einen Monat Zeit für den Einspruch hast. Wird ein Bescheid mit Nachzahlung erst nach Beginn des Zinslaufs wirksam, kommen Nachzahlungszinsen dazu, derzeit 0,15 % je vollem Monat; der Entwurf eines Jahressteuergesetzes 2026 sieht ab 2027 0,3 % vor (Bundesrats-Drucksache 447/26); beschlossen ist er Stand 25. September 2026 nicht. Wo sich nichts geändert hat, muss das Finanzamt einen Vorbehalt der Nachprüfung aufheben (§ 164 Abs. 3 Satz 3 AO).

Lotte und Olaf: vom Brief bis zum Bescheid

Zwei Wochen Vorlauf: die Vorbereitung in sechs Schritten

1. Rechne den Tag der Bekanntgabe aus und trag drei Termine ein: Ende der Einspruchsfrist, Frist für angeforderte Unterlagen, Prüfungsbeginn.
2. Lies den Umfang: welche Steuern, welche Jahre, volle oder abgekürzte Prüfung. Hast du eine Kanzlei, bekommt sie die Anordnung noch am selben Tag.
3. Passt der Termin nicht, beantrage die Verlegung sofort, mit Grund und Nachweis.
4. Probier den Export: Buchungen als Datei mit Feldnamen, Kassendaten über die Schnittstelle, Belege im Eingangsformat. Leichter geht das, wenn jede Zahlung schon ihren Beleg hat. Dafür gleicht enno Buchungen mit Belegen ab; Bank und Belege sortiert es nachts. Prüfen und herausgeben tust du selbst.
5. Benenne Auskunftspersonen und notier ab dem ersten Tag jede Anfrage mit ihrer Frist.
6. Beantrage den Bericht vorab, nimm Stellung und gleiche jeden Änderungsbescheid mit dem Bericht ab.

Ob du eine Feststellung hinnimmst oder streitest, klärst du im Einzelfall am besten mit einer Steuerberaterin oder einem Steuerberater.